Свято-Никольская община старообрядцев, приемлющих священство Белокриницкой иерархии, зарегистрирована 21 декабря 1906 г. В 1911–1912 гг. известный архитектор Николай Георгиевич Мартьянов начал строительство храма в Лефортовском переулке на средства заводчика-старообрядца Григория Федоровича Куделина. В советское время храм был закрыт. К XXI в. от него остался только основной объем, внутри располагались офисы и типография.
После Совета Митрополии в 2017 г. молитвенная жизнь в храме начала восстанавливаться.