Зарасайская община имеет глубокую историю. Первый храм вблизи Зарасай был устроен в 1735 г. благословением духовного отца Феодора Саманского на берегу озера Самани (ныне д. Боровка). В 1847 г. по распоряжению царских властей этот храм был сломан. Община сплачивалась уже в самом Ново-Александровске (ныне Зарасай) Каунасской губернии. Царский манифест 1905 г. о началах веротерпимости способствовал подъему староверия. В Зарасай был построен деревянный храм (разрушен во время Первой мировой войны).
В начале 1920-х гг. предприниматель Леонтий Иванов подарил общине дом по ул. Витауто 43, в котором около 70 лет находилась моленная. Нынешний храм освящен по вековой традиции во имя Покрова Пресвятой Богородицы в октябре 1992 г. С 1993 г. духовным наставником общины является Савва Иванович Павлов. Председателем совета общины долгие годы была Фотиния Григорьевна Куракина (1938–2010). Зарасайская община насчитывает более 1000 прихожан — жителей города и сельских окрестностей.
